Der Mathematikunterricht an der NMS erfolgt in den Klassen 1-6 in deutscher Sprache, in den Klassen 5-6 werden die Schüler und Schülerinnen auf den zum Teil in englischer Sprache erfolgenden Fachunterricht der Sekundarstufe vorbereitet. In den sechs FLEX-Klassen der Eingangsstufe wird Mathematik jahrgangsübergreifend unterrichtet, Kinder des ersten und zweiten Schuljahres lernen hier gemeinsam. Die Klassen 1-4 arbeiten mit dem Lehrwerk „Zahlenzauber“ des Oldenbourg-Verlages, die Klassen 5-6 mit dem Werk „Mathe live“ des Klett-Verlages. Der Mathematikunterricht folgt den Anforderungen des Rahmenlehrplanes des Landes Berlin. Darüber hinaus hat die Fachkonferenz Mathematik grundlegende Mindestvoraussetzungen für den Abschluss der Klasse 2, der Klasse 4 und der Klasse 6 formuliert. Diese stellen Mindestanforderungen dar, die bei der Zuteilung neuer Schüler in die entsprechenden Jahrgangsstufen Orientierung geben. Ohne die Erfüllung dieser Lernziele ist eine erfolgreiche Weiterarbeit im Fach Mathematik im folgenden Schuljahr gefährdet.
Alle Fächer an der NMS werden fächerübergreifend unterrichtet, so wird auch im Mathematikunterricht großer Wert auf eine Einbindung in die Projektarbeit gelegt (siehe z.B. Seite 6 im Newsletter 11/2009). Es werden u. a. Messreihen zu Liter und Milliliter durchgeführt (Thema: Wasser), Berliner Einwohnerzahlen verglichen (Thema: Where do I live?) und Diagramme zu Milchzähnen erstellt (Thema: Mein Körper). Um den unterschiedlichen Lernwegen und Eingangskanälen der Schüler und Schülerinnen gerecht zu werden, wird insbesondere in den unteren Klassen Anschauungs- und Übungsmaterial eingesetzt, durch das in ansprechender Form eine individuelle Förderung ermöglicht wird (siehe auch Seite 4 im Newsletter 5/2009).
Im Schuljahr 2012-2013 wurde ein Ausleihsystem für Sachrechnenkisten entwickelt, bei dem die Mathematikklassen zu den jeweiligen Größen (Längen, Gewicht, Hohlmaße, Geld und Zeit) Projektkisten mit handlungsorientiertem Material ausleihen können. Ein ähnliches System für den projektorientierten Geometrieunterricht ist derzeit im Aufbau. Die Klassen 1-4 arbeiten regelmäßig mit dem Programm „Blitzrechnen“ vom Klett Verlag, einem Computerprogramm zur individuellen Förderung der mündlichen Rechenfertigkeit. Ein Einsatz digitaler interaktiver Tafelbilder zu den jeweiligen Unterrichtswerken ist derzeit noch in der Entwicklung.
Ab dem dritten Schuljahr nehmen die Schüler und Schülerinnen am weltweiten Känguru-Wettbewerb der Mathematik teil, einem mathematischen Multiple-Choice-Wettbewerb mit mehr als 4,5 Millionen Teilnehmern und Teilnehmerinnen aus vielen europäischen und außereuropäischen Ländern. Das Ziel des Wettbewerbs ist in allererster Linie das Wecken der Begeisterung für Mathematik und das Wecken der Freude am mathematischem Denken und Arbeiten (http://www.mathe-kaenguru.de/).